Bueno, lo de los extremos de la autovía siempre suele ser conflictivo si usas este tipo de transición para que entre en la ciudad.
porque con mucho tráfico al final se convierte en un cuello de botella tremendo, como imagino que ya habrás experimentado.
Pero si lo piensas, la autovía no tiene por qué tener extremos. Una solución podría ser montar una estructura del tipo Ro-Ro como las que se utilizan con los trenes para las estaciones término que concentran mucho tráfico.
En este esquema los trenes entran a la estación por la zona A, salen de ella por la zona B y se incorporan al tráfico por la zona C.
De esta forma se podría llevar la propia autovía hasta dentro de la ciudad sin tanto riesgo de atascos, ya que no habría transición a carretera de doble sentido.
Y si la ciudad tiene su propio tráfico interno de autobuses o tranvías, para que la autovía no interfiera en ese tráfico se puede eliminar ese cruce por ejemplo con un puente.
Esto mismo se puede aplicar a las factorías.
Y si la fábrica se satura mucho debido a la alta producción que comentas, este tipo de construcciones son fácilmente ampliables. Bastaría con direccionar los vehículos, usando los waypoints, a los distintos muelles para que el tráfico este bien repartido.
Creo que con estas construcciones podrías mejorar mucho tus extremos de la autovía.